台湾地区“卫生福利部”已公告并全面施行包装食品、食品添加物、散装食品及具营业登记直接供应饮食场所的食品含基因改造食品原料的标示相关规定。受规范的业者及食品，凡使用基因改造食品原料，即应明确标示“基因改造”等字样。业者如果使用“非”基因改造食品原料，可标示“非基因改造”等字样，但因为非故意且无法预防的因素(如：采收、储运等)，而搀杂到基因改造食品原料，台湾地区目前订有非故意搀杂率3％，若超过3%即视为基因改造食品原料，则必须标示“基因改造”等字样。
台湾地区对于基因改造食品，系依据食品安全卫生管理法(下称食安法)进行管理，除须符合各项食品安全卫生规定外，还有基因改造食品原料的查验登记、专属输入税则号列分流管理、要求输入基改食品原料业者应建立追溯追踪数据及电子化上传、强制明确标示及后市场监测制度等管理规定。
“食药署”表示，已公开基因改造食品检验方法，可以检验食品原料中含基因改造成分含量与品项，与欧盟、日本等均同样使用品项专一性实时定量PCR(Q-PCR)的检验方法与技术。另为加强基因改造食品原料稽查及落实各种标示规定，2015下半年及2016年度卫生机关合计已监测调查包装食品、散装食品及直接供饮食场所基因改造标示符合性的总稽查件数共6,629件，其中不合格件数为6件，合格率达99.91%。针对输入的非基因改造食品及稽查境内34家资本额3,000万以上大豆油脂及酱油酿造工厂的黄豆来源及产品标示，也全数符合规定。并于2016年及2017年陆续规划执行“机关学校福利社及午餐膳业”、“餐盒食品工厂HACCP”、“豆制品制造业”、“酱料(酱油调味酱)制造业”及“基因改造食品”等稽查项目。
